1．斜面低溫保藏法
（1）將菌種接種在適宜的固體斜面培養基上，待菌充分生長后，棉塞部分用油紙包扎好，移至2-8℃的冰箱中保藏。
（2）保藏時間依微生物的種類而有不同，霉菌、放線菌及有芽孢的細菌保存2-4個月，移種一次。酵母菌兩個月，細菌最好每月移種一次。
此法為實驗室和工廠菌種室常用的保藏法，優點是操作簡單，使用方便，不需特殊設備，能隨時檢查所保藏的菌株是否死亡、變異與污染雜菌等。缺點是容易變異，因為培養基的物理、化學特性不是嚴格恒定的，屢次傳代會使微生物的代謝改變，而影響微生物的性狀；污染雜菌的機會亦較多。
2．液體石蠟保藏法
（1）將液體石蠟分裝于三角燒瓶內，塞上棉塞，并用牛皮紙包扎，1.05kg/cm2，121.3℃滅菌30分鐘，然后放在40℃溫箱中，使水汽蒸發掉，備用。
（2）將需要保藏的菌種，在最適宜的斜面培養基中培養，使得到健壯的菌體或孢子。
（3）用滅菌吸管吸取滅菌的液體石蠟，注入已長好菌的斜面上，其用量以高出斜面頂端1cm為準，使菌種與空氣隔絕。
（4）將試管直立，置低溫或室溫下保存（有的微生物在室溫下比冰箱中保存的時間還要長）。
此法實用而效果好。霉菌、放線菌、芽孢細菌可保藏2年以上不死，酵母菌可保藏1-2年，一般無芽孢細菌也可保藏1年左右，甚至用一般方法很難保藏的腦膜炎球菌，在37℃溫箱內，亦可保藏3個月之久。此法的優點是制作簡單，不需特殊設備，且不需經常移種。
缺點是保存時必須直立放置，所占位置較大，同時也不便攜帶。從液體石蠟下面取培養物移種后，接種環在火焰上燒灼時，培養物容易與殘留的液體石蠟一起飛濺，應特別注意。
3．濾紙保藏法
（1）將濾紙剪成0.5×1.2cm的小條，裝入0.6×8cm的安瓿管中，每管1—2張，塞以棉塞，1.05kg/cm2，121.3℃滅菌30分鐘。
（2）將需要保存的菌種，在適宜的斜面培養基上培養，使充分生長。
（3）取滅菌脫脂牛乳1-2ml滴加在滅菌培養皿或試管內，取數環菌苔在牛乳內混勻，制成濃懸液。
（4）用滅菌鑷子自安瓿管取濾紙條浸入菌懸液內，使其吸飽，再放回至安瓿管中，塞上棉塞。
（5）將安瓿管放入內有五氧-化二磷作吸水劑的干燥器中，用真空泵抽氣至干。
（6）將棉花塞入管內，用火焰熔封，保存于低溫下。
（7）需要使用菌種，復活培養時，可將安瓿管口在火焰上燒熱，滴一滴冷水在燒熱的部位，使玻璃破裂，再用鑷子敲掉口端的玻璃，待安瓿管開啟后，取出濾紙，放入液體培養基內，置溫箱中培養。
細菌、酵母菌、絲狀真菌均可用此法保藏，前兩者可保藏2年左右，有些絲狀真菌甚至可保藏14-17年之久。此法較液氮、冷凍干燥法簡便，不需要特殊設備。
4．沙土保藏法
（1）取河沙加入10%稀鹽酸，加熱煮沸30分鐘，以去除其中的有機質。
（2）倒去酸水，用自來水沖洗至中性。
（3）烘干，用40目篩子過篩，以去掉粗顆粒，備用。
（4）另取非耕作層的不含腐植質的瘦黃土或紅土，加自來水浸泡洗滌數次，直至中性。
（5）烘干，碾碎，通過100目篩子過篩，以去除粗顆粒。
（6）按一份黃土、三份沙的比例（或根據需要而用其他比例，甚至可全部用沙或全部用土）摻合均勻，裝入10×100mm的小試管或安瓿管中，每管裝1g左右，塞上棉塞，進行滅菌，烘干。
（7）抽樣進行無菌檢查，每10支沙土管抽一支，將沙土倒入肉湯培養基中，37℃培養48小時，若仍有雜菌，則需全部重新滅菌，再作無菌試驗，直至證明無菌，方可備用。
（8）選擇培養成熟的（一般指孢子層生長豐滿的，營養細胞用此法效果不好）優良菌種，以無菌水洗下，制成孢子懸液。
（9）于每支沙土管中加入約0.5ml（一般以剛剛使沙土潤濕為宜）孢子懸液，以接種針拌勻。
（10）放入真空干燥器內，用真空泵抽干水分，抽干時間越短越好，務使在12小時內抽干。
（11）每10支抽取一支，用接種環取出少數沙粒，接種于斜面培養基上，進行培養，觀察生長情況和有無雜菌生長，如出現雜菌或菌落數很少或根本不長，則說明制作的沙土管有問題，尚須進一步抽樣檢查。
（12）若經檢查沒有問題，用火焰熔封管口，放冰箱或室內干燥處保存。每半年檢查一次活力和雜菌情況。
（13）需要使用菌種，復活培養時，取沙土少許移入液體培養基內，置溫箱中培養。
此法多用于能產生孢子的微生物如霉菌、放線菌，因此在抗生素工業生產中應用*，效果亦好，可保存2年左右，但應用于營養細胞效果不佳。
5．液氮冷凍保藏法
（1）準備安瓿管用于液氮保藏的安瓿管，要求能耐受溫度突然變化而不致破裂，因此，需要采用硼硅酸鹽玻璃制造的安瓿管，安瓿管的大小通常使用75×10mm的，或能容1.2mm液體的。
（2）加保護劑與滅菌保存細菌、酵母菌或霉菌孢子等容易分散的細胞時，則將空安瓿管塞上棉塞，1.05kg/cm2，121.3℃滅菌15分鐘：若作保存霉菌菌絲體用則需在安瓿管內預先加入保護劑如10%的甘油蒸餾水溶液或10％二甲亞砜蒸餾水溶液，加入量以能浸沒以后加入的菌落圓塊為限，而后再用1.05kg/cm2，121.3℃滅菌15分鐘。
（3）接入菌種將菌種用10％的甘油蒸餾水溶液制成菌懸液，裝入已滅菌的安瓿管；霉菌菌絲體則可用滅菌打孔器，從平板內切取菌落圓塊，放入含有保護劑的安瓿管內，然后用火焰熔封。浸入水中檢查有無漏洞。
（4）凍結再將已封口的安瓿管以每分鐘下降1℃的慢速凍結至-30℃。若細胞急劇冷凍，則在細胞內會形成冰的結晶，因而降低存活率。
（5）保藏經凍結至-30℃的安瓿管立即放入液氮冷凍保藏器的小圓筒內，然后再將小圓筒放入液氮保藏器內。液氮保藏器內的氣相為-150℃，液態氮內為-196℃。
（6）恢復培養保藏的菌種需要用時，將安瓿管取出，立即放入38-40℃的水浴中進行急劇解凍，直到全部融化為止。再打開安瓿管，將內容物移入適宜的培養基上培養。
此法除適宜于一般微生物的保藏外，對一些用冷凍干燥法都難以保存的微生物如支原體、衣原體、氫細菌、難以形成孢子的霉菌、噬菌體及動物細胞均可長期保藏，而且性狀不變異。缺點是需要特殊設備。
6．冷凍干燥保藏法
（1）準備安瓿管用于冷凍干燥菌種保藏的安瓿管宜采用中性玻璃制造，形狀可用長頸球形底的，亦稱淚滴型安瓿管，大小要求外徑6-7.5mm，長105mm，球部直徑9-11mm，壁厚0.6-1.2mm。也可用沒有球部的管狀安瓿管。塞好棉塞，1.05kg/cm2，121.3℃滅菌30分鐘，備用。
（2）準備菌種，用冷凍干燥法保藏的菌種，其保藏期可達數年至十數年，為了在許多年后不出差錯，故所用菌種要特別注意其純度，即不能有雜菌污染，然后在最適培養基中用最適溫度培養，使培養出良好的培養物。細菌和酵母的菌齡要求超過對數生長期，若用對數生長期的菌種進行保藏，其存活率反而降低。一般，細菌要求24-48小時的培養物；酵母需培養3天；形成孢子的微生物則宜保存孢子；放線菌與絲狀真菌則培養7-10天。
（3）制備菌懸液與分裝以細菌斜面為例，用脫脂牛乳2ml左右加入斜面試管中，制成濃菌液，每支安瓿管分裝0.2ml。
（4）冷凍冷凍干燥器有成套的裝置出售，價值昂貴，此處介紹的是簡易方法與裝置，可達到同樣的目的。將分裝好的安瓿管放低溫冰箱中冷凍，無低溫冰箱可用冷凍劑如干冰（固體CO2）酒精ye或干冰丙酮液，溫度可達-70℃。將安瓿管插入冷凍劑，只需冷凍4-5分鐘，即可使懸液結冰。
（5）真空干燥為在真空干燥時使樣品保持凍結狀態，需準備冷凍槽，槽內放碎冰塊與食鹽，混合均勻，可冷至-15℃。抽氣一般若在30分鐘內能達到93.3Pa（0.7mmHg）真空度時，則干燥物不致熔化，以后再繼續抽氣，幾小時內，肉眼可觀察到被干燥物已趨干燥，一般抽到真空度26.7Pa（0.2mmHg），保持壓力6-8小時即可。
（6）封口抽真空干燥后，取出安瓿管，接在封口用的玻璃管上，可用L形五通管（圖Ⅶ-17）繼續抽氣，約10分鐘即可達到26.7Pa（0.2mmHg）。于真空狀態下，以煤-氣噴燈的細火焰在安瓿管頸中央進行封口。封口以后，保存于冰箱或室溫暗處。
