蛋白質雙向電泳（2-DE）技術是經典的蛋白質分離技術，包含在蛋白質組學服務中。該項技術可以基于蛋白質的2種不同特性即帶電荷和分子質量來分離蛋白，廣泛用于生物學研究的各個方面。在新藥研發領域，利用雙向電泳技術可以篩選乳腺癌相關抗原及尋找藥物靶點和分析血清等研究。
1、蛋白質雙向電泳技術分離蛋白質的原理
蛋白質組分析的首要要求是要將來自全細胞、組織或生物體中所包含的多達幾十種混合蛋白質進行分離、檢測和分析。2-DE技術是大多數蛋白質組研究中分離復雜蛋白質混合物的shou選技術。蛋白質分離技術是蛋白質組學研究的技術之一，蛋白質組學服務是一項以蛋白質組為研究對象的服務，可以從蛋白質組的水平進一步認識生命活動的機理和疾病發生的分子機制。美迪西的蛋白質組學服務整合了生物化學、細胞生物學、分子生物學與質譜等多項技術，能夠實現蛋白鑒定、差異蛋白定量分析、復合物分離、蛋白翻譯后修飾（如：磷酸化、糖基化、泛素化等）的解析及蛋白質組信息學分析。
雙向電泳技術分離蛋白質的原理是：首先基于蛋白質固有電荷，通過等電聚焦（IEF）進行第一向分離，然后根據蛋白的分子質量，在第二向中通過SDS-PAGE進行蛋白分離。使用這兩種不同的分離技術的結果是增高了對蛋白質的分辨率。蛋白質雙向電泳技術具有分辨率高、蛋白質在凝膠中被保護、對樣品要求比層析分離技術低等優勢。
2、蛋白質雙向電泳技術可以進行藥物靶蛋白篩選
根據人類基因組學研究的估計，人體內可能的藥物作用靶點蛋白約有5000~10000個，更多的藥物靶點有待于進一步的挖掘，尋找新的藥物靶點蛋白是藥物研發中的重要環節。新靶點的發現可以為藥物篩選提供突破口，為先導化合物發現和先導化合物優化提供重要的理論依據。
有研究者基于一種不需要改變候選藥物結構的方法來進行藥物靶蛋白的尋找。利用藥物與靶點結合時可能產生的熱穩定性的變化，通過熒光差異雙向電泳實驗，在凝膠圖中尋找差異點。研究者使用甲an蝶呤與HEK293T細胞孵育后不同溫度處理的蛋白，利用雙向電泳分離，找到了與文獻中的位置相同的蛋白差異點，驗證了方法的可行性。利用這種方法尋找候選藥物wsh-7在GL261細胞中的可能作用靶點，并找到了wsh-7處理后熱穩定性增加的差異點。研究者利用雙向電泳分析了多種牛血清，發現胎牛血清蛋白點數多于新生牛血清，進口胎牛血清蛋白點數多于自產胎牛血清。
3、蛋白質雙向電泳技術可篩選乳腺癌相關抗原
以2-DE為基礎的蛋白質組學技術，在闡明乳腺癌潛在的發生機制，尋找與診斷、治療、預后和耐藥等有關分子靶標的研究中有著非常重要的地位。研究者提取乳腺癌T-47D細胞株總蛋白，采用雙向電泳技術進行分離后轉膜，分別采用乳腺癌患者血清和對照血清作為一抗進行Western blot分析，比較雜交蛋白點的差異，取差異蛋白點行液相色譜串聯質譜分析并通過數據庫查詢，鑒定抗原。
結果篩選出10個差異蛋白，取其中3個僅與乳腺患者血清反應的蛋白行質譜分析顯示，這3個蛋白分別為脯氨酰-4-羥化酶β亞基、人類真核翻譯延伸因子1γ、磷酸甘油酸變位酶1，成功鑒定了3個可能的乳腺癌相關抗原。
蛋白質組學服務有助于幫助人們從分子水平揭開生命活性的本質，隨著科學技術的改進與提高，蛋白質組學將進一步發展，并在疾病的發病機制、診斷和治療等研究中發揮著重要的作用。
